Tugas 1

E-Commerce

Definisi E-Commerce

Ecommerce memfokuskan diri pada transaksi bisnis berbasis individu denganmenggunakan internet sebagai medium pertukaran barang atau jasa baik antara dua buahinstitusi (business to business) dan konsumen langsung (business to consumer) melewatikendala ruang dan waktu. Pada masa persaingan ketat di era globalisasi saat ini, persainganyang sebenarnya terletak pada bagaimana sebuah perusahaan dapat memanfaatkan e-commerce untuk meningkatkan  kinerja  dan  eksistensi  dalam bisnis ini. Dengan aplikasi e-commerce, seharusnya hubungan antar perusahaan dengan entitas eksternal lainnya(pemasok, distributor, rekanan, konsumen) dapat dilakukan lebih cepat, lebih intensif, danlebih murah daripada aplikasi prinsip manajemen secara konvensional (door to  door, one-to-one relationship). Maka  e-commerce bukanlah sekedar suatu mekanisme penjualanbarang atau jasa melalui  medium internet, tetapi juga terhadap terjadinya sebuahtransformasi bisnis yang mengubah cara pandang perusahaan dalam melakukan aktivitasusahanya. Membangun dan mengimplementasikan sebuah sistem e-commerce  bukan merupakan  proses   instant,  namun  merupakan  transformasi strategi dan sistem bisnis yang  terus  berkembang  sejalan  dengan  perkembangan perusahaan dan teknologi.

Aplikasi e-commerce yang pertama kali dikembangkan adalah Electronic Funds Transfer (EFT) pada awal tahun 1970. Penggunaan aplikasi tersebut dibatasi hanya pada perusahaan-perusahaan besar dan lembaga keuangan. Aplikasi selanjutnya yang berkembang adalah Electronic Data Interchange (EDI), yaitu sebuah aplikasi transfer dokumen seperti invoice dan purchase order secara elektronik. Pengguna dari aplikasi EDI lebih banyak dibandingkan EFT, yakni meliputi manufaktur, retailer, dan service provider. Perkembangan e-commerce semakin meluas sejak tahun 1990-an. Ketika itu, hampir semua perusahaan skala menengah maupun besar memiliki website untuk menjual produk/jasa mereka. AOL, eBay, VeriSign, dan Checkpoint adalah contoh-contoh pengembangan aplikasi e-commerce pure online yang sukses. GE, IBM, Intel, dan Schwab adalah contoh pengembangan aplikasi partial e-commerce yang juga sukses. Namun, kesuksesan ini diikuti oleh kegagalan kebanyakan aplikasi e-commerce pada tahun 1999 walaupun ketika itu Amazon.com juga mulai bertumbuh pesat. 

E-commerce merupakan prosedur berdagang atau mekanisme jual-beli di internet dimana pembeli dan penjual dipertemukan di dunia maya. E-commerce juga dapat didefinisikan sebagai suatu cara berbelanja atau berdagang secara online atau direct sellingyang memanfaatkan fasilitas internet di mana terdapat website yang dapat menyediakan layanan “get and deliver“.

Faktor kunci sukses dalam e-commerce dalam sebuah perusahaan tidak hanya mengandalkan kekuatan produk saja, tetapi dengan tim manajemen yang handal, pengiriman yang tepat waktu, pelayanan yang bagus, struktur organisasi bisnis yang baik, jaringan infrastruktur dan keamanan, desain situs web yang bagus, beberapa faktor lainnya antara lain :

1.      Menyediakan harga kompetitif.

2.      Menyediakan jasa pembelian yang tanggap, cepat, dan ramah.

3.      Menyediakan barang dan jasa yang lengkap dan jelas.

4.      Menyediakan banyak bonus seperti kupon, penawaran istimewa dan diskon.

5.      Memberikan perhatian khusus seperti usulan pembelian.

6.      Menyediakan rasa komunitas untuk berdiskusi, masukan dari pelanggan.

Tujuan Aplikasi E-Commerce

1.      Agar orang yang ingin membeli barang atau transaksi lewat internet hanya membutuhkan akses internet dan interface-nya menggunakan web browser

2.      Menjadikan portal e-commerce / e-shop tidak sekedar portal belanja, tapi menjadi tempat berkumpulnya komunitas dengan membangun basis komunitas, membangun konsep pasar bukan sekedar tempat jual beli dan sebagai pusat informasi (release, product review, konsultasi, dll)

3.      Pengelolaan yang berorientasi pada pelayanan, kombinasi konsepsi pelayanan konvensional dan virtual : responsif (respon yang cepat dan ramah), dinamis, informatif dan komunikatif

4.      Informasi yang up to date, komunikasi multi-arah yang dinamis

Sistem Bisnis Internal

Sistem bisnis internal digunakan untuk melayani proses dan bisnis secara internal. Dengan menggunakan sistem seperti ini, seorang manajer yang sedang bepergian dapat mengakses basis data perusahaan yang terdapat pada server dengan mudah. Beberapa hal lain yang bisa ditangani melalui sistem bisnis internal adalah sebagai berikut :

1.      Pemrosesan transaksi secara internal, misalnya pesanan penjualan dapat dimasukkan oleh pemasar dari jarak jauh.

2.      Portal perusahaan, yaitu sarana informasi berbasis web yang ditujukan secara khusus untuk pegawai perusahaan berangkutan.

3.      Pemantauan aktifitas dalam perusahaan.

4.      Pengedalian proses.

5.      Sistem pendukung manajemen yang meliputi:

a.       Organisasi Virtual

Organisasi virtual adalah suatu jaringan organisasi independen yang dihubungkan melalui teknologi informasi dengan tujuan untuk mengeksploitasi peluang pasar dengan berbagi ketrampilan, biaya, dan akses pasar.

b.      E – Intermediary

E – Intermediary adalah para anggota saluran distribusi internet yang melakukan salah satu atau dua fungsi berikut :

1 ) mengumpulkan informasi tentang para penjual dan menyajikannya dalam bentuk yang praktis kepada para konsumen.

2 ) membantu menyalurkan produk-produk internet ke konsumen.

c.       Penjual Bersindikat

Penjual Bersindikat adalah situs web yang menawarkan hubungan kepada konsumen ke situs-situs web lain dan atas jasa ini web yang menghubungkan ke web lain akan mendapatkan komisi.

d.      Agen Pembelanjaan

Agen Pembelanjaan merupakan suatu situs web yang membantu para

konsumen dengan memberikan kemudahan untuk mendapatkan informasi yang diperlukan konsumen dalam rangka membuat keputusan pembelian.

e.       Makelar Bisnis ke Bisnis

Makelar bisnis-ke-bisnis tidak memiliki produk. Perantara ini menyediakan sarana komunikasi antar pebisnis.

f.    M-commerce dan Teknotogi WAP
M-commerce adalah bentuk penjualan dan pembelian produk yang dilakukan melalui peranti seperti telepon seluler atau PDA. Teknologi yang mendasari M-commerce adalah WAP (Wireless Application Protocol).

Klasifikasi E-Commerce

Kita mengenal adanya pure e-commerce dan partial e-commerce. Suatu e-commerce dikategorikan pure atau partial berdasarkan pada tingkat digitasi dari suatu produk yang diperdagangkan, proses, dan agen pengirimannya. Apabila segala aspek dalam sistem e-commerce itu digital maka dapat dikategorikan sebagai pure e-commerce. Selain itu, ciri lain dari pure e-commerce adalah organisasi penyelenggara benar-benar organisasi online, menggunakan model bisnis new-economy organization, dan menjual produk atau jasanya hanya secara online. Sedangkan, partial e-commerce dicirikan dengan penggabungan antara aspek digital dan tradisional/fisik, penggunaan model bisnis click-and-mortar organization (penggabungan antara offline dan online), serta melakukan kegiatan-kegiatan bisnis utamanya di dunia nyata.

Standar Teknologi E-Commerce

Di samping berbagai standar yang digunakan di internet, e-commerce juga menggunakan standar yang digunakan sendiri, umumnya digunakan dalam transaksi bisnis-ke-bisnis. Beberapa diantara yang sering digunakan adalah:

1.     Electronic Data Interchange (EDI)

Dibuat oleh pemerintah di awal tahun 70-an dan saat ini digunakan oleh lebih dari 1000 perusahaan Fortune di Amerika Serikat, EDI adalah sebuah standar struktur dokumen yang dirancang untuk memungkinkan organisasi besar untuk mengirimkan informasi melalui jaringan private. EDI saat ini juga digunakan dalam corporatewebsite.

2.     Open Buying on the Internet (OBI)

Adalah sebuah standar yang dibuat oleh Internet Purchasing Roundtable yang akan menjamin bahwa berbagai sistem e-commerce dapat berbicara satu dengan lainnya. OBI yang dikembangkan oleh konsorsium OBI http://www.openbuy.org/ didukung oleh perusahaan-perusahaan yang memimpin di bidang teknologi seperti Actra, InteliSys, Microsoft, Open Market, dan Oracle.

3.     Open Trading Protocol (OTP)

OTP dimaksudkan untuk menstandarisasi berbagai aktifitas yang berkaitan dengan proses pembayaran, seperti perjanjian pembelian, resi untuk pembelian, dan pembayaran. OTP sebetulnya merupakan standar kompetitor OBI yang dibangun oleh beberapa perusahaan, seperti AT&T, CyberCash, Hitachi, IBM, Oracle, Sun Microsystems, dan British Telecom.

4.     Open Profiling Standard (OPS)

Sebuah standar yang di dukung oleh Microsoft dan Firefly http://www.firefly.com/. OPS memungkinkan pengguna untuk membuat sebuah profil pribadi dari kesukaan masing-masing pengguna yang dapat dia share dengan merchant. Ide dibalik OPS adalah untuk menolong memproteksi privasi pengguna tanpa menutup kemungkinan untuk transaksi informasi untuk proses marketing dsb.

5.     Secure Socket Layer (SSL)

Protokol ini di disain untuk membangun sebuah saluran yang aman ke server. SSL menggunakan teknik enkripsi public key untuk memproteksi data yang di kirimkan melalui Internet. SSL dibuat oleh Netscape tapi sekarang telah di publikasikan di public domain.

6.     Secure Electronic Transaction (SET)

SET akan mengenkodekan nomor kartu kredit yang di simpan di server merchant. Standar ini di buat oleh Visa dan MasterCard, sehingga akan langsung di dukung oleh masyarakat perbankan. Ujicoba pertama kali dari SET di e-commerce dilakukan di Asia.

7.     Truste

Adalah sebuah partnership dari berbagai perusahaan yang mencoba membangun kepercayaan public dalam e-commerce dengan cara memberikan cap Good Housekeeping yang memberikan approve pada situs yang tidak melanggar kerahasiaan konsumen.

Keuntungan Dan Kerugian E-Commerce

      Keuntungan e-commerce di antaranya:

1. Revenue Stream (aliran pendapatan) baru yang mungkin lebih menjanjikan yang tidak bisa ditemui di sistem transaksi tradisional.
2. Dapat meningkatkan market exposure (pangsa pasar).
3. Menurunkan biaya operasional (operating cost).
4. Melebarkan jangkauan (global reach).
5. Meningkatkan customer loyality.
6. Meningkatkan supplier management.
7. Memperpendek waktu produksi.
8. Meningkatkan value chain (mata rantai pendapatan).

Contoh Aplikasi E-Commerce

E-commerce akan merubah semua kegiatan marketing dan juga sekaligus memangkas biaya-biaya operasional untuk kegiatan trading (perdagangan). Beberapa aplikasi e-commerce, antara lain: Industri pariwisata dan biro perjalanan, contoh:www.expedia.com, internet job market, contoh: www.monster.com, real estate, contoh:www.ired.com, perdagangan saham online, contoh: www.etrade.com, internet banking, contoh:www.bii.co.id, lelang online, contoh: www.bekas.com, online publishing, contoh:www.kompas.com, virtual universities atau e-university contoh: www.cityu.edu.hk, online consulting, contoh: www.knowledgespace.com , e-insurance, contoh: www.insurerate.com,electronic stamp, contoh: www.estamp.com, dan sebagainya.

Proses yang ada dalam E-commerce adalah sebagai berikut :

a.       Presentasi elektronis (Pembuatan website) untuk produk dan layanan.

b.      Pemesanan secara langsung dan tersedianya tagihan.

c.       Otomasi account pelanggan secara aman (baik nomor rekening maupun nomor kartu kredit).

d.      Pembayaran yang dilakukan secara langsung (online) dan penanganan transaksi.

Kelemahan dan Kendala E-Commerce

Menurut survei yang dilakukan oleh CommerceNet http://www.commerce.net/ para pembeli atau pembelanja belum menaruh kepercayaan kepada e-commerce, mereka tidak dapat menemukan apa yang mereka cari di e-commerce, belum  ada cara yang mudah dan sederhana untuk membayar. Di samping itu, surfing di e-commerce belum lancar betul.

Pelanggan e-commerce masih takut ada pencuri kartu kredit, rahasia informasi personal mereka menjadi terbuka, dan kinerja jaringan yang kurang baik. Umumnya pembeli masih belum yakin bahwa akan menguntungkan dengan menyambung ke Internet, mencari situs shopping, menunggu download gambar, mencoba mengerti bagaimana cara memesan sesuatu, dan kemudian harus takut apakah nomor kartu kredit mereka di ambil oleh hacker.

Tampaknya untuk meyakinkan pelanggan ini, e-merchant harus melakukan banyak proses pemandaian pelanggan. Walaupun demikian Gail Grant, kepala lembaga penelitian di CommerceNet http://www.commerce.net/ meramalkan sebagian besar pembeli akan berhasil mengatasi penghalang tersebut setelah beberapa tahun mendatang.

Grant mengatakan jika saja pada halaman Web dapat dibuat label yang memberikan informasi tentang produk dan harganya, akan sangat memudahkan untuk search engine menemukan sebuah produk secara online. Hal tersebut belum terjadi memang karena sebagian besar merchant ingin agar orang menemukan hanya produk mereka tapi bukan kompetitornya apalagi jika ternyata harga yang diberikan kompetitor lebih murah.

Untuk sistem bisnis-ke-bisnis, isu yang ada memang tidak sepelik di atas, akan tetapi tetap ada isu-isu serius. Seperti para pengusaha belum punya model yang baik bagaimana cara mensetup situs e-commerce mereka, mereka mengalami kesulitan untuk melakukan sharing antara informasi yang diperoleh online dengan aplikasi bisnis lainnya. Masalah yang barangkali menjadi kendala utama adalah ide untuk sharing informasi bisnis kepada pelanggan dan supplier  hal ini merupakan strategi utama dalam sistem e-commercebisnis ke bisnis.

Kunci utama untuk memecahkan masalah adalah merchant harus menghentikan pemikiran bahwa dengan cara menopangkan diri pada Java applets maka semua masalah akan solved, padahal kenyataannya adalah sebetulnya merchant harus me-restrukturisasi operasi mereka untuk mengambil keuntungan maksimal dari e-commerce. Grantmengatakan, “E-commerce is just like any automation – it amplifies problems with their operation they already had.”

E-Bussiness

Definisi  E-Bussiness

E-business adalah E-business (Inggris: Electronic Business, atau “E-business”) dapat diterjemahkan sebagai kegiatan bisnis yang dilakukan secara otomatis dan semiotomatis dengan menggunakan sistem informasi komputer. Istilah yang pertama kali diperkenalkan oleh Lou Gerstner, seorang CEO perusahaan IBM ini, sekarang merupakan bentuk kegiatan bisnis yang dilakukan dengan menggunakan teknologi Internet. E-business memungkinkan suatu perusahaan untuk berhubungan dengan sistem pemrosesan data internal dan eksternal mereka secara lebih efisien dan fleksibel. E-business juga banyak dipakai untuk berhubungan dengan suplier dan mitra bisnis perusahaan, serta memenuhi permintaan dan melayani kepuasan pelanggan secara lebih baik.

Dalam penggunaan sehari-hari, E-business tidak hanya menyangkut e-commerce saja. Dalam hal ini, e-commerce lebih merupakan sub bagian dari E-business, sementara E-business meliputi segala macam fungsi dan kegiatan bisnis menggunakan data elektronik, termasuk pemasaran Internet. Sebagai bagian dari E-business, e-commerce lebih berfokus pada kegiatan transaksi bisnis lewat www atau Internet. Dengan menggunakan sistem manajemen pengetahuan, e-commerce mempunyai goal untuk menambah revenu dari perusahaan.

Industri teknologi informasi melihat kegiatan e-commerce ini sebagai aplikasi dan penerapan dari E-business (e-business) yang berkaitan dengan transaksi komersial, seperti: transfer dana secara elektronik, SCM (supply chain management), e-pemasaran (e-marketing), atau pemasaran online (online marketing), pemrosesan transaksi online (online transaction processing), pertukaran data elektronik (electronic data interchange /EDI), dll.

E–Business (Electronic Business) merupakan interaksi eksternal organisasi dengan para pemasok, pelanggan, investor, kreditor pemerintah, dan media massa juga termasuk penggunaan teknologi informasi untuk mendesain kembali proses internalnya.

Ini akan memberikan pemahaman dasar kepada para akuntan dan professional sistem mengenai peluang dan resiko. Dengan menguasai ini, para akuntan dan professional sistem akan lebih siap untuk secara aktif berpartisipasi dalam perencanaan, desain dan pengolahan langkah – langkah awal e – business organisasi.

Hubungan Antara E-Business dan E-Commerse

        E-Commerce atau Electronic Commerce atau EC menjelaskan suatu proses dari penjualan, pembelian, transfer, melayani atau pertukaran produk, jasa atau informasi lewat jaringan komputer termasuk internet. E-Business atau Electronic Business mengarah kepada pengertian yang luas dari EC atau Electronic Commerce, tidak hanya membeli atau menjual barang dan jasa tetapi juga pelayanan konsumen, kolaborasi dengan partner business, memimpin E-Learning, dan memimpin transaksi elektronik didalam suatu organisasi. Namun ada juga yang memandang bahwa E-Business bukan hanya sekedar membeli dan menjual tetapi juga lebih daripada itu seperti kegiatan kolaborasi dan intrabusiness. Menurut id.wikipedia.org, dikatakan bahwa perdagangan elektronik atau e-commerce adalah penyebaran, pembelian, penjualan, pemasaran barang dan jasa melalui sistem elektronik seperti internet atau televisi, www, atau jaringan komputer lainnya. E-Commerce dapat melibatkan transfer dana elektronik, pertukaran data elektronik, sistem manajemen inventori otomatis, dan sistem pengumpulan data otomatis.

        Industri teknologi informasi melihat kegiatan e-commerce ini sebagai aplikasi dan penerapan dari e-business yang berkaitan dengan transaksi komersial, seperti: transfer dana secara elektronik, SCM (supply chain management), e-marketing, atau online marketing, online transaction processing, electronic data interchange /EDI, dll. E-Commerce merupakan bagian dari e-business, di mana cakupan e-business lebih luas, tidak hanya sekedar perniagaan tetapi mencakup juga pengkolaborasian mitra bisnis, pelayanan nasabah, lowongan pekerjaan dll. Selain teknologi jaringan www, e-commerce juga memerlukan teknologi basisdata atau pangkalan data (databases), e-mail, dan bentuk teknologi non komputer yang lain seperti halnya sistem pengiriman barang, dan alat pembayaran untuk e-commerce ini.

     E-Commerce lebih disediakan untuk menguragi biaya-biaya operasional yang selama ini dikeluarkan untuk trading. Kegiatan E-Commerce merubah semua kegiatan marketing. Dengan kata lain, kegiatan marketing lebih ditujukan ke dalam E-Commerce dan bukan hanya marketing, tetapi semua transaksi pembelian dan penjualan, dan lain-lainnya. Sehingga E-Commerce membuat human contact menjadi berkurang atau bisa dikatakan dihapuskan. Mengapa? Karena semuanya sudah ditangani secara online. Seperti yang kita ketahui sebelumnya, bahwa E-Commerce merupakan tempat transaksi penjualan secara online. Untuk pembayaran bagi barang yang akan kita beli, dilakukan secara transfer, atau pembayaran secara online. E-Commerce merupakan subperangkat dari E-Business. Mengapa? Karena didalam E-business, terjadi perputaran bisnis yaitu trading.

      Menurut searchcio.techtarget.com, E-Business atau Electronic Business bukan hanya sekedar pada pembelian dan penjualan tetapi juga pada pelayanan kepada para pelanggan atau konsumen dan adanya kolaborasi antara partner bisnis. Ruang lingkup daripada E-Business adalah ketika perusahaan dan individu melakukan komunikasi dengan client atau nasabah melalui email, tetapi seluruh kegiatan pemasaran dan penjualannya dilakukan melalui internet, sehingga memberikan keamanan fleksibilitas dan efisiensi yang dimana pembayarannya dengan mengunakan E-Gold yang dimana jenis pembayaran ini sudah diakui secara international dalam melakukan transaksi online. Sedangkan di dalam www.dudung.net/teknologi-informasi/10-pertanyan-tentang-e-commerce.html dikatakan bahwa kebanyakan orang mengangap bahwa E-Commerce hanyalah sebagai web shopping atau online Shopping. Padahal itu hanyalah sebahagian kecil dari pengertian luas dari E-Commerce, atau sekitar 20% dari keseluruhan kegiatan E-Commerce. Sebab E-Commerce sendiri pada dasarnya merupakan alat yang mempermudah untuk melakukan proses hubungan bisnis ke bisnis antar perusahaan yang satu dengan yang lainnya.

Kesimpulan

Pengembangan aplikasi  e-commerce  bagi  sebuah perusahaan atau   lembaga merupakan proses yang cukup kompleks. Melibatkan beberapa organisasi atau situs dalam penanganan sekuriti dan otorisasi. Popularitas e-business di penghujung abad 20 dan di awal milenium baru ini sesungguhnya ditunjang oleh tiga faktor pemicu utama, yaitu (1) faktor pasar dan ekonomi, diantaranya kompetisi yang semakin intensif, perekonomian global, kesepakatan dagang regional, dan kekuasaan konsumen yang semakin bertambah besar, (2) faktor sosial dan lingkungan, seperti perubahan karakteristik angkatan kerja, deregulasi pemerintah, kesadaran dan tuntutan akan praktis etis, kesadaran dan tuntutan akan praktis etis, kesadaran akan tanggung jawab sosial perusahaan, dan perubahan politik, dan (3) faktor teknologi, meliputi singkatnya usia siklus hidup produk dan teknologi, inovasi yang muncul hampir setiap waktu, information overload, dan berkurangnya rasio biaya teknologi terhadap kinerja.

       E– Business merupakan interaksi eksternal organisasi dengan para pemasok, pelanggan, investor, kreditor Pemerintah dan media massa dan juga termasuk pengggunaan teknologi informasi untuk mendesain kembali proses internalnya.

BIO INFORMATIKA

Pengertian Bio Informatika

      Bioinformatika (bahasa Inggris: bioinformatics) adalah (ilmu yang mempelajari) penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

    Bioinformatika merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekular. Pembahasan dibidang bioinformatik ini tidak terlepas dari perkembangan biologi molekular modern, salah satunya peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang terdapat dalam molekul DNA.

      Kemampuan untuk memahami dan memanipulasi kode genetik DNA ini sangat didukung oleh teknologi informasi melalui perkembangan hardware dan soffware. Baik pihak pabrikan sofware dan harware maupun pihak ketiga dalam produksi perangkat lunak. Salah satu contohnya dapat dilihat pada upaya Celera Genomics, perusahaan bioteknologi Amerika Serikat yang melakukan pembacaan sekuen genom manusia yang secara maksimal memanfaatkan teknologi informasi sehingga bisa melakukan pekerjaannya dalam waktu yang singkat (hanya beberapa tahun).

    Perkembangan teknologi DNA rekombinan memainkan peranan penting dalam lahirnya bioinformatika. Teknologi DNA rekombinan memunculkan suatu pengetahuan baru dalam rekayasa genetika organisme yang dikenala bioteknologi. Perkembangan bioteknologi dari bioteknologi tradisional ke bioteknologi modren salah satunya ditandainya dengan kemampuan manusia dalam melakukan analisis DNA organisme, sekuensing DNA dan manipulasi DNA.

     Sekuensing DNA satu organisme, misalnya suatu virus memiliki kurang lebih 5.000 nukleotida atau molekul DNA atau sekitar 11 gen, yang telah berhasil dibaca secara menyeluruh pada tahun 1977. Kemudia Sekuen seluruh DNA manusia terdiri dari 3 milyar nukleotida yang menyusun 100.000 gen dapat dipetakan dalam waktu 3 tahun, walaupun semua ini belum terlalu lengkap. Saat ini terdapat milyaran data nukleotida yang tersimpan dalam database DNA, GenBank di AS yang didirikan tahun 1982.

      Bioinformatika ialah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasiuntuk mengelola dan menganalisis informasi hayati. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologi, terutama yang terkait dengan penggunaan sekuens DNA dan asam amino. Contoh topik utama bidang ini meliputi pangkalan data untuk mengelola informasi hayati, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan struktur protein atau pun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

    Bioinformatika pertamakali dikemukakan pada pertengahan 1980an untuk mengacu kepada penerapan ilmu komputer dalam bidang biologi. Meskipun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika seperti pembuatan pangkalan data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologi telah dilakukan sejak tahun 1960an.

   Kemajuan teknik biologi molekuler dalam mengungkap sekuens biologi protein (sejak awal 1950an) dan asam nukleat (sejak 1960an) mengawali perkembangan pangkalan data dan teknik analisis sekuens biologi. Pangkalan data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960an di Amerika Serikat, sementara pangkalan data sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970an di Amerika Serikat dan Jerman pada Laboratorium Biologi Molekuler Eropa (European Molecular Biology Laboratory).

         Penemuan teknik sekuensing DNA yang lebih cepat pada pertengahan 1970an menjadi landasan terjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang dapat diungkapkan pada 1980an dan 1990an. Hal ini menjadi salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom, yang meningkatkan kebutuhan akan pengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya bioinformatika.

       Perkembangan jaringan internet juga mendukung berkembangnya bioinformatika. Pangkalan data bioinformatika yang terhubungkan melalui internet memudahkan ilmuwan dalam mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam pangkalan data tersebut serta memperoleh sekuens biologi sebagai bahan analisis. Selain itu, penyebaran program-program aplikasi bioinformatika melalui internet memudahkan ilmuwan dalam mengakses program-program tersebut dan kemudian memudahkan pengembangannya.

          Pangkalan Data sekuens biologi dapat berupa pangkalan data primer untuk menyimpan sekuens primer asam nukleat dan protein, pangkalan data sekunder untuk menyimpan motif sekuens protein, dan pangkalan data struktur untuk menyimpan data struktur protein dan asam nukleat. Pangkalan data utama untuk sekuens asam nukleat saat ini adalahGenBank (Amerika Serikat), EMBL (the European Molecular Biology Laboratory, Eropa), dan DDBJ (DNA Data Bank of Japan, Jepang). Ketiga pangkalan data tersebut bekerja sama dan bertukar data secara harian untuk menjaga keluasan cakupan masing-masing pangkalan data. Sumber utama data sekuens asam nukleat adalah submisi (pengumpulan) langsung dari peneliti individual, proyek sekuensing genom, dan pendaftaran paten. Selain berisi sekuens asam nukleat, entri dalam pangkalan data sekuens asam nukleat pada umumnya mengandung informasi tentang jenis asam nukleat (DNA atau RNA), nama organismesumber asam nukleat tersebut, dan segala sesuatu yang berkaitan dengan sekuens asam nukleat tersebut.

          Selain asam nukleat, beberapa contoh pangkalan data penting yang menyimpan sekuens primer protein adalah PIR (Protein Information Resource, Amerika Serikat), Swiss-Prot (Eropa), dan TrEMBL (Eropa). Ketiga pangkalan data tersebut telah digabungkan dalam UniProt, yang didanai terutama oleh Amerika Serikat. Entri dalam UniProt mengandung informasi tentang sekuens protein, nama organisme sumber protein, pustaka yang berkaitan, dan komentar yang pada umumnya berisi penjelasan mengenai fungsi protein tersebut.

       Perangkat bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan pangkalan data sekuens Biologi ialah BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). Penelusuran BLAST (BLAST search) pada pangkalan data sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens baik asam nukleat maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal ini berguna misalnya untuk menemukan gen sejenis pada beberapaorganisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing atau untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Algoritma yang mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens.

         PDB (Protein Data Bank, Bank Data Protein) ialah pangkalan data tunggal yang menyimpan model struktur tiga dimensi protein dan asam nukleathasil penentuan eksperimental (dengan kristalografi sinar-X, spektroskopi NMR, dan mikroskopi elektron). PDB menyimpan data struktur sebagaikoordinat tiga dimensi yang menggambarkan posisi atom-atom dalam protein atau pun asam nukleat.

Sejarah Bio Informatika

         Istilah bioinformatics mulai dikemukakan pada pertengahan era 1980-an untuk mengacu pada penerapan komputer dalam biologi. Namun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika (seperti pembuatan basis data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologis sudah dilakukan sejak tahun 1960-an.

        Kemajuan teknik biologi molekular dalam mengungkap sekuens biologis dari protein (sejak awal 1950-an) dan asam nukleat (sejak 1960-an) mengawali perkembangan basis data dan teknik analisis sekuens biologis. Basis data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960-an di Amerika Serikat, sementara basis data sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970-an di Amerika Serikat dan Jerman (pada European Molecular Biology Laboratory, Laboratorium Biologi Molekular Eropa). Penemuan teknik sekuensing DNA yang lebih cepat pada pertengahan 1970-an menjadi landasan terjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang berhasil diungkapkan pada 1980-an dan 1990-an, menjadi salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom, meningkatkan kebutuhan akan pengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya bioinformatika.

    Perkembangan Internet juga mendukung berkembangnya bioinformatika. Basis data bioinformatika yang terhubung melalui Internet memudahkan ilmuwan mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam basis data tersebut maupun memperoleh sekuens biologis sebagai bahan analisis. Selain itu, penyebaran program-program aplikasi bioinformatika melalui Internet memudahkan ilmuwan mengakses program-program tersebut dan kemudian memudahkan pengembangannya.

Penerapan Utama bio Informatika

1. Basis data sekuens biologis

         Sesuai dengan jenis informasi biologis yang disimpannya, basis data sekuens biologis dapat berupa basis data primer untuk menyimpan sekuens primer asam nukleat maupun protein, basis data sekunder untuk menyimpan motif sekuens protein, dan basis data struktur untuk menyimpan data struktur protein maupun asam nukleat.

        Basis data utama untuk sekuens asam nukleat saat ini adalah GenBank (Amerika Serikat), EMBL (Eropa), dan DDBJ(Inggris) (DNA Data Bank of Japan, Jepang). Ketiga basis data tersebut bekerja sama dan bertukar data secara harian untuk menjaga keluasan cakupan masing-masing basis data. Sumber utama data sekuens asam nukleat adalah submisi langsung dari periset individual, proyek sekuensing genom, dan pendaftaran paten. Selain berisi sekuens asam nukleat, entri dalam basis data sekuens asam nukleat umumnya mengandung informasi tentang jenis asam nukleat (DNA atau RNA), nama organisme sumber asam nukleat tersebut, dan pustaka yang berkaitan dengan sekuens asam nukleat tersebut.

      Sementara itu, contoh beberapa basis data penting yang menyimpan sekuens primer protein adalah PIR (Protein Information Resource, Amerika Serikat), Swiss-Prot (Eropa), dan TrEMBL (Eropa). Ketiga basis data tersebut telah digabungkan dalam UniProt (yang didanai terutama oleh Amerika Serikat). Entri dalam UniProt mengandung informasi tentang sekuens protein, nama organisme sumber protein, pustaka yang berkaitan, dan komentar yang umumnya berisi penjelasan mengenai fungsi protein tersebut.

2. Penyejajaran sekuens

         Penyejajaran sekuens (sequence alignment) adalah proses penyusunan/pengaturan dua atau lebih sekuens sehingga persamaan sekuens-sekuens tersebut tampak nyata. Hasil dari proses tersebut juga disebut sebagai sequence alignment atau alignment saja. Baris sekuens dalam suatu alignment diberi sisipan (umumnya dengan tanda “–”) sedemikian rupa sehingga kolom-kolomnya memuat karakter yang identik atau sama di antara sekuens-sekuens tersebut. Berikut adalah contoh alignment DNA dari dua sekuens pendek DNA yang berbeda, “ccatcaac” dan “caatgggcaac” (tanda “|” menunjukkan kecocokan atau match di antara kedua sekuens).

          Sequence alignment merupakan metode dasar dalam analisis sekuens. Metode ini digunakan untuk mempelajari evolusi sekuens-sekuens dari leluhur yang sama (common ancestor). Ketidakcocokan (mismatch) dalam alignment diasosiasikan dengan proses mutasi, sedangkan kesenjangan (gap, tanda “–”) diasosiasikan dengan proses insersi atau delesi. Sequence alignment memberikan hipotesis atas proses evolusi yang terjadi dalam sekuens-sekuens tersebut. Misalnya, kedua sekuens dalam contoh alignment di atas bisa jadi berevolusi dari sekuens yang sama “ccatgggcaac”. Dalam kaitannya dengan hal ini, alignment juga dapat menunjukkan posisi-posisi yang dipertahankan (conserved) selama evolusi dalam sekuens-sekuens protein, yang menunjukkan bahwa posisi-posisi tersebut bisa jadi penting bagi struktur atau fungsi protein tersebut.

            Selain itu, sequence alignment juga digunakan untuk mencari sekuens yang mirip atau sama dalam basis data sekuens. BLAST adalah salah satu metode alignment yang sering digunakan dalam penelusuran basis data sekuens. BLAST menggunakan algoritma heuristik dalam penyusunan alignment.

      Beberapa metode alignment lain yang merupakan pendahulu BLAST adalah metode “Needleman-Wunsch” dan “Smith-Waterman”. Metode Needleman-Wunsch digunakan untuk menyusun alignment global di antara dua atau lebih sekuens, yaitu alignment atas keseluruhan panjang sekuens tersebut. Metode Smith-Waterman menghasilkan alignment lokal, yaitu alignment atas bagian-bagian dalam sekuens. Kedua metode tersebut menerapkan pemrograman dinamik (dynamic programming) dan hanya efektif untuk alignment dua sekuens (pairwise alignment)

3. Prediksi struktur protein

           Secara kimia/fisika, bentuk struktur protein diungkap dengan kristalografi sinar-X ataupun spektroskopi NMR, namun kedua metode tersebut sangat memakan waktu dan relatif mahal. Sementara itu, metode sekuensing protein relatif lebih mudah mengungkapkan sekuens asam amino protein. Prediksi struktur protein berusaha meramalkan struktur tiga dimensi protein berdasarkan sekuens asam aminonya (dengan kata lain, meramalkan struktur tersier dan struktur sekunder berdasarkan struktur primer protein). Secara umum, metode prediksi struktur protein yang ada saat ini dapat dikategorikan ke dalam dua kelompok, yaitu metode pemodelan protein komparatif dan metode pemodelan de novo.

           Pemodelan protein komparatif (comparative protein modelling) meramalkan struktur suatu protein berdasarkan struktur protein lain yang sudah diketahui. Salah satu penerapan metode ini adalah pemodelan homologi (homology modelling), yaitu prediksi struktur tersier protein berdasarkan kesamaan struktur primer protein. Pemodelan homologi didasarkan pada teori bahwa dua protein yang homolog memiliki struktur yang sangat mirip satu sama lain. Pada metode ini, struktur suatu protein (disebut protein target) ditentukan berdasarkan struktur protein lain (protein templat) yang sudah diketahui dan memiliki kemiripan sekuens dengan protein target tersebut. Selain itu, penerapan lain pemodelan komparatif adalah protein threading yang didasarkan pada kemiripan struktur tanpa kemiripan sekuens primer. Latar belakang protein threading adalah bahwa struktur protein lebih dikonservasi daripada sekuens protein selama evolusi; daerah-daerah yang penting bagi fungsi protein dipertahankan strukturnya. Pada pendekatan ini, struktur yang paling kompatibel untuk suatu sekuens asam amino dipilih dari semua jenis struktur tiga dimensi protein yang ada. Metode-metode yang tergolong dalam protein threading berusaha menentukan tingkat kompatibilitas tersebut.

              Dalam pendekatan de novo atau ab initio, struktur protein ditentukan dari sekuens primernya tanpa membandingkan dengan struktur protein lain. Terdapat banyak kemungkinan dalam pendekatan ini, misalnya dengan menirukan proses pelipatan (folding) protein dari sekuens primernya menjadi struktur tersiernya (misalnya dengan simulasi dinamika molekular), atau dengan optimisasi global fungsi energi protein. Prosedur-prosedur ini cenderung membutuhkan proses komputasi yang intens, sehingga saat ini hanya digunakan dalam menentukan struktur protein-protein kecil. Beberapa usaha telah dilakukan untuk mengatasi kekurangan sumber daya komputasi tersebut, misalnya dengan superkomputer (misalnya superkomputer Blue Gene dari IBM) atau komputasi terdistribusi maupun komputasi grid.

4. Analisis ekspresi gen

            Ekspresi gen dapat ditentukan dengan mengukur kadar mRNA dengan berbagai macam teknik (misalnya dengan microarray ataupun Serial Analysis of Gene Expression [“Analisis Serial Ekspresi Gen”, SAGE]). Teknik-teknik tersebut umumnya diterapkan pada analisis ekspresi gen skala besar yang mengukur ekspresi banyak gen (bahkan genom) dan menghasilkan data skala besar. Metode-metode penggalian data (data mining) diterapkan pada data tersebut untuk memperoleh pola-pola informatif. Sebagai contoh, metode-metode komparasi digunakan untuk membandingkan ekspresi di antara gen-gen, sementara metode-metode klastering (clustering) digunakan untuk mempartisi data tersebut berdasarkan kesamaan ekspresi gen.

Bio Informatika di Indonesia

            Saat ini mata ajaran bioinformatika maupun mata ajaran dengan muatan bioinformatika sudah diajarkan di beberapa perguruan tinggi di Indonesia. Sekolah Ilmu dan Teknologi Hayati ITB menawarkan mata kuliah “Pengantar Bioinformatika” untuk program Sarjana dan mata kuliah “Bioinformatika” untuk program Pascasarjana. Fakultas Teknobiologi Universitas Atma Jaya, Jakarta menawarkan mata kuliah “Pengantar Bioinformatika”. Mata kuliah “Bioinformatika” diajarkan pada Program Pascasarjana Kimia Fakultas MIPA Universitas Indonesia (UI), Jakarta. Mata kuliah “Proteomik dan Bioinformatika” termasuk dalam kurikulum program S3 bioteknologi Universitas Gadjah Mada (UGM), Yogyakarta. Materi bioinformatika termasuk di dalam silabus beberapa mata kuliah untuk program sarjana maupun pascasarjana biokimia,biologi, dan bioteknologi pada Institut Pertanian Bogor (IPB). Selain itu, riset-riset yang mengarah pada bioinformatika juga telah dilaksanakan oleh mahasiswa program S1 Ilmu Komputer maupun program pascasarjana biologi serta bioteknologi IPB.

               Riset bioinformatika protein dilaksanakan sebagai bagian dari aktivitas riset rekayasa protein pada Laboratorium Rekayasa Protein, Pusat Penelitian Bioteknologi Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI), Cibinong, Bogor. Lembaga Biologi Molekul Eijkman, Jakarta, secara khusus memiliki laboratorium bioinformatika sebagai fasilitas penunjang kegiatan risetnya. Selain itu, basis data sekuens DNA mikroorganisme asli Indonesia sedang dikembangkan di UI.

Daftar Pustaka:
http://smallbusiness.chron.com/difference-between-e-business-e-commerce-2639.html
http://www.computerworld.com/article/2588708/e-commerce/e-commerce-the-difference-between-e-business-and-e-commerce.html

http://wilis.himatif.or.id/

http://bioinformatika-q.blogspot.co.id/